近年來，重慶環境監測隊伍不斷強化環境質量監測、提高環境監測能力，目前可涵蓋環境空氣、降水、地表水、集中式飲水源地、噪聲和振動、固體(土壤、底質、植物、生物殘留體、固體廢物、煤質)、生物、輻射和廢水、廢氣、室內空氣等方面的監測。監測類別涉及環境質量監測、污染源監測、驗收監測、污染事故應急監測等。2006~2009年共完成監測數據量約400萬個，為重慶市環境管理、環境決策提供了科學參考。
在三峽工程175米試驗性蓄水期間，重慶市經過加密監測，及時掌控了水環境動態。同時組織市環境監測中心和巫山、奉節、萬州等18個區縣監測站對境內長江、嘉陵江、烏江干流19個斷面和長江36條一級支流80個斷面地表水、庫區集中式飲用水水源地進行了6次水質同步加密監測，及時了解和掌握了三峽工程175米試驗性蓄水期間水質變化情況，為確保試驗性蓄水工作的正常進行奠定了基礎，為試驗性蓄水期間飲用水水源地水質安全和庫區水質安全提供了技術保障。
為保護大氣質量，重慶市在主城區開展了臭氧、PM2.5、灰霾等變化趨勢監測，并進行了數據綜合分析，形成了《臭氧監測試點綜合報告》、《灰霾監測試點綜合報告》，為讓市民呼吸更清新的空氣進一步打下了基礎。
重慶市目前已建成空氣自動站45個，實現了40個區縣城鎮空氣質量日報。建設空氣質量監測超級站1個(包括灰霾、臭氧、有機物等45個監測項目)，并利用激光雷達實現了對空氣質量的“天地一體化”研究性監測。建成水質自動站9個，環境噪聲自動站21個，有效地實現了預警功能，環境監測能力大大提升，為讓群眾在良好的環境中生產生活提供了保障。
