8月8日13時40分，甘肅省環保廳召開緊急會議，就環保部門做好應急工作做出緊急部署。一是立即啟動甘肅省環境突發事件應急預案，成立由廳長馮杰任總指揮的甘肅省環保廳應對舟曲泥石流災害應急指揮部。二是立即成立兩個環境隱患排查組和1個環境應急監測組，會同環境保護部工作組，緊急趕赴甘南舟曲災區，對災區飲用水水源地水質及泥石流形成的堰塞湖水體水質進行監測，全面排查對舟曲災區及下游的尾礦庫、危險化學品風險源和企業環境安全隱患。三是嚴格落實領導帶班值守制度，安排專人24小時值班，及時調度環境應急工作。
8月8日上午11時，甘肅省環境監測中心站已接到甘肅省環保廳應急指揮部命令，立即啟動應急監測預案，組成應急監測小分隊迅速趕赴舟曲縣事故現場，積極組織隴南市和甘南州環境監測站開展應急監測工作。
根據8月8日21點45分隴南市上報完成的15項應急監測指標，兩河口斷面(舟曲縣城下游第一個監測斷面)達到地表水環境質量Ⅱ類標準，溶解氧指標達到Ⅲ類標準。就目前對監測結果的分析判斷，此次特大泥石流災害尚未影響到白龍江水環境質量和下游隴南市武都區飲用水水源地水質。
8月8日晚11時，由環境保護部和甘肅省環保廳聯合組成的前方工作組抵達舟曲縣城，并連夜開展工作，迅速和甘南州環保局組成3個工作組分別對受災城區、上游迭部縣、下游兩河口企業受災情況進行再次排查和檢查。
8月9日凌晨，舟曲縣城城區道路管制，第一工作組徒步1個多小時后進入城區，再次查看了受災情況和堰塞湖淹沒城區水源地情況。根據最新通報結果，堰塞湖的水質除化學需氧量和氨氮略有超標外，其他指標均符合國家標準。
8月8日，甘肅省環保廳責令甘南州環保局根據要求對上游尾礦庫安全進行排查。經檢查，尾礦庫未受到洪水破壞。
8月9日凌晨1時，舟曲前方環境隱患排查組第二工作組再次對庫內防洪狀況進行現場勘查排查。確認尾礦庫未受到洪水破壞，壩體無裂痕或人為破壞，泄洪溜槽無雜物，通暢無阻。但上游約50米第一道欄柵擋墻處因洪水沖刷，帶入部分泥石流，面積約60平方米，渣量約40立方米，其余各處未發現洪水沖刷痕跡。經現場監測，監測數據與往年相比無明顯變化，但攔渣擋墻處存在部分泥石流，一旦再次發生暴雨，有可能造成泄洪槽堵塞，應盡快進行清淤。
甘肅省環保廳將繼續密切關注災區環境狀況，加強指導服務，全力以赴支援災區環境保護工作和災區生產、生活恢復。目前，甘肅省環保廳系統廣大干部職工自發踴躍捐款，已籌集兩萬余元支援舟曲縣救災。
