1.在工程質量方面相對較差
由于現存的多數水庫都是建國后不久建設的，限于當時技術水平和施工條件，很多農村的水庫建設，無論從規劃設計還是施工質量上，和現在的技術手段比，都已經落伍，存在設計上不專業，質量較差等問題，對工程的結構分析和穩定性評測都沒有細致的工作，所以現在一些水庫有的雖然還在運行，但不可避免都存在安全隱患。
2.在水庫管理上存在不到位現象
科學的管理，是保證水庫安全運行的重要保障，也是必須的手段，但實際情況是，我國目前很多地方的水庫管理存在著嚴重的不到位的情況，這些現象的存在，不僅不能保證水庫的安全運行和促進水庫效益的發揮，而且還存在嚴重的安全隱患，一些地方的管理還停留在原始的落后的水平，有的根本就是疏于管理，把水庫承包給個人，變成個人養殖營利的工具，一旦遇有險情，損失是不可估量的。
3.交通不暢。通訊不快捷
由于一些不發達地區的水庫都是建立在偏遠山區，離居住區較遠，而這些地區經濟相對落后，對于水庫管理方面的資金投入相對不足，直達水庫的道路修建不完善，遇到惡劣天氣，基本就是斷絕交通，雖然現在通訊科技十分發達，但相對于這些地區的水庫來講，應用的還不是很好，仍然存在信息不對稱的情況，不能及時把水庫的動態信息發布出去，這樣一遇突發情況，對于搶險救災來說最佳時間很難保證，后果是不可想象的。
4.水庫工程配套設施相對不夠完善
由于各方面條件的限制，大部分水庫的配套設施都不是十分完善的，有的當時配備就不足，有的經過多年的運行已經到了更換維修期，多數水庫的溢洪道，長期運行后，已經出現質量問題，對于水庫的泄洪安全很難保證。有的當初設計建造時就沒有達到要求，溢洪道、大壩、涵管等設施都存在大大小小的問題，如不能及時處理，一遇險情，必成大患。
5.水庫管理中缺乏專業技能人員
很多水庫的管理人員，都不是專業的人員，而且一些職工也多是年紀偏大的，在庫區多年，業務水平仍停留在原有的水平上，對于新技術、新理論的接受時間相對較長，而新來的專業人員的新方法往往不被老人接受，在水管的管理上，矛盾和混亂的現象時有發生，所以要加強這方面的管理。
